La tuerie s’est déroulée durant la prière du dimanche matin, mais l’information n’a filtrée que lundi, en raison des communications perturbées par l’état d’urgence.
L’attaque a eu lieu dans la ville de Konduga, à 35km de Maiduguri, la capitale de l’Etat.
Les tireurs sont soupçonnés d'être des membres du groupe islamiste armé Boko Haram.
Ils sont entrés dans la mosquée et ont ouvert le feu.
Boko Haram a tué des milliers de personnes depuis le début de son insurrection en 2009.
"Nous pensons que l'attaque n'était pas sans lien avec la coopération que les habitants apportent aux agents des forces de sécurité pour identifier et arrêter les membres de Boko Haram qui se trouvent parmi eux", a déclaré un responsable.
Au cours des dernières semaines, l'armée a encouragé la formation de groupes de vigilance citoyens, qui aident les autorités à repérer et à arrêter les membres de Boko Haram.
Un membre d’un groupe de vigilance a déclaré que 4 de leurs membres ont été tués après avoir répondu aux appels à l’aide en provenance de Konduga.
Les tireurs pourraient avoir pris pour cible la mosquée car ils pensaient que certains vigilants y priaient.
Les assaillants sont arrivés en tenue de camouflage de l'armée, des uniformes qui pourraient avoir été volés lors de récentes attaques sur des casernes, selon des responsables.
Le nord-est du Nigeria est placé sous état d'urgence depuis le mois de mai, l'armée menant une offensive d'envergure pour mettre fin à l'insurrection de Boko Haram.